印尼迄今最黑暗的歷史不是荷蘭殖民者造成的，而是印尼人民自己造成的。
1965-1966年的大屠殺
目前尚無關於死亡人數的確切數字。根據歷史學家估計，約有50萬至100萬人被屠殺。數十萬人未經程序就被拘留，並經常遭受酷刑。截至 1979 年，至少有 2 萬名印尼共產黨員和同情者未經程序而被拘留，其中 1.5 萬人被流放到布魯島集中營。比印尼歷史上的任何其他事件都要多。
受害者遭到武裝部隊和其他團體的勒殺、砍殺、斬首和槍殺。這次屠殺是面對面進行的，與納粹和柬埔寨紅色高棉在奧斯威辛集中營進行的屠殺不同。
這場大屠殺首先從爪哇島的雅加達開始，隨後蔓延至蘇門答臘、峇裡島、加里曼丹等印尼其他幾個地區。這次屠殺的高峰是中爪哇和東爪哇。印尼有史以來最殘酷的種族滅絕事件。
中國公民也成為受害者。其中一些被殺害，財產被搶劫。在西加里曼丹，在爪哇大屠殺發生約十八個月後，達雅克人將 45,000 名中國居民從農村驅逐出去。數百至數千人在大屠殺中喪生。
在峇裡島，估計有8萬人，即當時峇裡島人口的5%，在大屠殺中喪生。
屠殺還使用了武士刀（日本刀），將受害者排成一排，然後逐一割斷他們的脖子，並將屍體扔進河裡。因此，河裡屍體太多，導致河道堵塞，河川污染。還有許多其他受害者也在森林中被殺害並埋葬在萬人坑中。這場大屠殺導致許多村莊空無一人，他們留下的財產被武裝部隊搶走，或者他們的家園被交給武裝部隊。
這場大屠殺使布魯島成為了政治犯（Tapol）的集中營。已故的普拉姆迪亞·阿南塔·托爾 (Pramoedya Ananta Toer) 曾在該島被拘留了 13 年。普拉姆是唯一一位獲得諾貝爾獎提名的印尼作家。由於他具有馬克思列寧主義思想，他被派往布魯島。
1968年，美國中央情報局的一份秘密報告聲稱，這場大屠殺是20世紀最嚴重的大屠殺之一，與20世紀30年代的蘇聯清洗、第二次世界大戰期間的納粹大屠殺以及20世紀50年代初的毛澤東血腥屠殺並列。
來源
印尼人的DNA從來都是「喜歡」戰鬥、殺戮和征服。
如果群島沒有被荷蘭人「統一」為荷屬東印度群島，那麼它肯定仍會分散成許多相互衝突的王國/國家。
